1978年，由曾任中华医学会消化病学会主任委员、博士导师的贾博琦教授及原北京医科大学名医张树基教授将大内科消化专业组组建成消化内科，并建立了消化实验室及消化内镜室。有国内知名的胡伏莲教授，现任中华医学会消化学会常委兼秘书，全国幽门螺杆菌学组副组长，北京消化分会副主任委员。刘新光教授，现任中华医学会消化学会胃肠动力学组成员。有关幽门螺杆菌的系列研究曾获卫生部科技进步三等奖，北京市科技进步三等奖，多篇论文获北京大学医学部、北京市优秀论文奖。
消化内科设病床32张，日门诊量平均150人次，设有消化实验室、病理检查室、消化系内镜检查室及胃肠动力学检查室。有用于13C－尿素呼气试验检测Hp感染的质谱仪及胃肠动力检查设备。目前，有医师19名，其中教授4名、副教授5名、主治医师9名、住院医师1名。具有博士学位8名，硕士学位3名。护士13名，其中专业护师2名、护师2名。在读研究生16名，其中博士生4名、硕士生12名。承担本科生、研究生和进修医师的授课、实习、各类讲座及专题讨论。已培养指导研究生毕业43名，其中博士生19名、硕士生24名。消化科门诊开展对急、慢性胃炎，功能性消化不良，胃食管反流病，消化性溃疡，胃肠肿瘤，慢性腹泻，慢性便秘，肠易激综合征，炎症性肠病，肝硬化，胰腺炎，消化道出血等胃肠道及肝、胆、胰脏常见病及疑难病症的诊治，并开设了远程会诊的项目。有关Hp相关性疾病的诊治、胃肠动力障碍性疾病的诊治，在国内处领先地位，并有较大影响。
消化内科在科研上已形成以学术带头人与研究生组成的科研队伍，研究方向明确，科研条件完善并积极外向发展，学科发展方向明确。主要开展了以下几方面的科研工作：（1）幽门螺杆菌(Hp)感染及相关疾病的研究；（2）胃粘膜保护机制的研究；（3）抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)对炎症性肠病的诊断价值；（4）胃肠动力学研究；（5）钙离子对肠道平滑肌运动的影响。有关Hp感染、胃肠动力、炎症性肠病等研究在国内处于领先地位，正趋向与国际接轨。在学术期刊上发表研究论著230篇、SCI收录14篇，出版学术专著16部。科研成果获部级成果奖1项、市级成果奖1项。承担科研项目34项，其中国家级5项，部级5项，北京市1项。1995年消化内科被卫生部定为临床药理基地，并于1998年经考核确认为卫生部首批临床药理基地。曾多次主持、参与国家及进口新药的I、II、III期临床试验研究。