北京大学第一医院小儿外科成立于1958年，具有五十余年历史，先后有国内外知名教授张金哲、潘少川、钱雪丽、王平、李龙、贾钧等担任主任。是新中国较早成立的研究和治疗小儿外科疾病的专门科室之一，也是北京大学所有20所附属医院和教学医院中唯一的小儿外科专业科室，是小儿外科疾病的医疗、教学和研究中心。
小儿外科技术力量雄厚，拥有一支医学素质优良、业务训练有素的医师和护士队伍，其中高级专业技术人员6人，中级专业技术人员5人，初级专业技术人员11人。并且聘请包括台湾长庚医院院长小儿肝移植专家陈肇龙教授，中国工程院院士小儿外科泰斗张金哲教授等多位德高望重的著名儿外科专家，给予定期指导和进行疑难病例的研讨。拥有一批以李龙教授为代表的享誉海内外的专家、学者，在亚洲小儿外科学会、英国小儿腔镜学会和中华医学小儿外科学会等担任委员或中青年委员；任国内外十余种外科及小儿科杂志编委和审稿专家。我科与香港大学玛丽医院小儿外科有长期友好合作关系，有多名医师出国进修学习，我们将继续扩大与国际友好组织和人士的交流与合作。
医疗设备先进，就医环境优美，现有床位26张，拥有90年代国际先进水平的小儿腹腔镜、小儿胸外专业整形器械、小儿专用泌尿腔镜、多功能生命监护系统等设备，专用手术室2间，并有重症监护病房（ICU）。拥有计算机远程医疗咨询会诊中心。设有新生儿外科、小儿普外、胸外、泌尿外、小儿肿瘤外科、小儿神外、整形外、骨外等专业组，结构合理。开展了多项国际领先的技术如微创外科技术包括小儿腹腔镜、胸腔镜、尿道镜以及小儿肝移植等技术。我科目前是国内较早开展使用各种术式进行小儿肝移植的单位。