北大医院肿瘤化疗专业自1995年开始筹建，1997年2月成立肿瘤化疗科,主要从事临床医疗工作，针对各种实体肿瘤，如肺癌、乳腺癌、食管癌、胃癌、结直肠癌、胰腺癌、膀胱癌、前列腺癌、男性生殖细胞肿瘤及软组织肿瘤等进行以化学药物治疗为主的综合治疗，包括恶性肿瘤的术后辅助化疗、晚期转移性肿瘤的全身化疗、某些恶性肿瘤的内分泌治疗及生物治疗和靶向治疗等。以治疗中晚期肺癌、转移性乳腺癌及胃肠道恶性肿瘤为科室特色,疗效达到国内先进水平,对晚期肿瘤的并发症处理和治疗中的毒副反应的防治有独到之处。2003年肿瘤化疗科在医院领导的支持下，在北京市首家引进了获中、美专利的UHR-2000型大功率全身微波聚束热疗机，开展了肿瘤的热疗、热化学治疗，提高了肿瘤治疗的效果。
肿瘤化疗科现设有肺癌专业组、乳腺癌专业组、胃肠道癌专业组及中西医治疗组。现有病床33张，年收治住院病人650人次，月平均门诊量为2000人次。目前有医生13名，其中主任医师1人，副主任医师4人，主治医师5人，医师3人。护士15名，其中主管护师5人,护师1人。主治医师职称以上人员多来自北京肿瘤医院肿瘤内科，长期从事肿瘤化疗的临床诊治与临床科研工作，具备扎实的基础理论及丰富的临床经验。建科以来，多次在肿瘤学核心刊物发表医学论文。
肿瘤化疗科的全体工作人员秉承“一切以病人为中心”的原则，努力工作，竭诚为患者提供优质的医疗服务,使患者得到最适宜的治疗。