普通外科是北大医院历史最悠久的科室之一，在建院之初就同时建立。具有强大的综合实力，产生过一大批北京乃至全国知名的外科学家。近年来顺应外科学发展的历史潮流，开始向着专业细化的方向发展。2002年搬迁进入新的外科大楼，病房硬件条件得到显著改善，目前有4个病区，共计140个床位。各病房的专业特色：外一——肝胆、胰腺、移植；外二——肝胆；外三——胃肠；外四——甲状腺、乳腺。