东方医院内科是教育部重点学科之一，消化内科是其重要的组成部分。本科在中国工程院院士董建华教授及国内知名消化专家田德禄教授的领导下，参加国家“七·五”、“八·五”攻关课题“中医药治疗萎缩性胃炎及癌前病变的研究”，国家自然科学基金课题“中医治疗酒精性肝硬化的研究”等。其研究成果曾获国家科技进步奖一项，国家中医药管理局科技进步三等奖一项，北京市科技进步二等奖一项及三等奖三项。本科拥有目前最先进的电子胃镜、电子结肠镜、十二指肠镜、B超机、胃肠动力仪等医疗仪器设备，开设有消化内科门诊及病房、电子胃镜室、电子结肠镜室、胃肠动力室。开展有内镜下静脉套扎及硬化治疗食道胃底静脉曲张，肝癌肝动脉导管化疗栓塞术、无水酒精注射治疗肝囊肿、肝活体组织穿刺术，内窥镜下摘除胃肠道息肉，内窥镜异物钳取术等项目。目前拥有教授5名、副教授3名、主治医师若干名。
本科主要诊治胃肠和肝胆胰疾病，擅长鉴别各种原因引起的黄疸、腹水、呕吐、腹痛、腹泻、便血、消瘦等消化内科疑难杂症，其特色在于用中西医结合治疗肝硬化(酒精性、肝炎后、胆汁性)、肝癌、肝囊肿、脂肪肝、胃癌、胆结石、溃疡性结肠炎、上消化道出血、下消化道出血等疾病。用中医方法治疗脂肪肝、食管炎、胆汁返流性胃炎、慢性萎缩性胃炎、顽固性胃十二指肠溃疡、功能性消化不良、习惯性便秘、肥胖等疾病。在本科出诊和病房查房的专家有杨晋翔、袁永端、李军祥教授、张立平、宋金玲副教授等。