针灸科是医院涉外医疗窗口之一，以中西医结合为特点，突出中医针灸医学，开展中国传统医学与现代医学相结合的医疗、教学和科研。是中国中医研究院针灸培训中心，北京中医药大学、北京针灸骨伤学院的学生、外国留学生、进修医生的临床培训基地。
　　针灸科开展治疗的常见疾病有：头痛、颈椎病、颈肩臂综合症、胸痹、肩关节周围炎、颈椎小关节紊乱、胃十二指肠溃疡、胆结石、胆囊炎、术后尿潴留、尿失禁、脑血管病、运动损伤、神经性耳聋、耳鸣等；疑难病有：震颤麻痹、痴呆、延髓麻痹、创伤性不张、强直性脊椎炎等。科内开展的无痛旋转进针法“飞针”技术使患者得到无痛治疗，收到较高评价。