细菌免疫学研究室成立于1955年，是我国首家结核病细菌免疫学专业研究机构，在我国结核病研究领域享有盛誉。2001年度和内科实验室合并成立新的细菌免疫学研究室，同时承担科研和临床检测任务，现有工作人员16名，在读硕士、博士研究生4名。
细菌免疫学研究室主要致力于结核病的基础和临床应用研究。在基础研究领域主要集中于结核病发病分子机制，结核菌特定基因功能的研究等。在应用研究领域，主要进行结核病耐药性新技术的探索及菌阴肺结核及肺外结核快速诊断的研究等。目前，我科承担国家重大基础研究项目1项，北京市人事局留学回国人员优秀项目1项，市自然科学基金课题2项，市科委优秀人才项目2项，市卫生局科研项目3项及研究所级项目10余项的资助。
科研成果：改革开放以来共获得国家级成果奖2项，市级成果奖15项，局级10项。1979年以来先后培养硕士研究生20名，博士研究生7名。