消化科已有40余年历史，对食管、胃肠、肝胆、胰腺、腹膜疾病的诊断与治疗有丰富的临床经验。附设内镜室及消化实验室，拥有日本产高档电子内镜系统及多种内镜治疗设备。对胃肠息肉的内镜下切除、消化道出血的内镜下治疗、食管静脉曲张硬化治疗、门脉高压的综合治疗、溃疡病的系统综合治疗、炎症性肠病的中西医结合治疗达到国内较高水平。承担北京大学医学部教学任务，实验室进行关于幽门螺杆菌的研究。内镜室进行胃镜、肠镜检查、ERCP、黏膜染色、息肉切除及止血术等各种治疗。主要治疗的疾病有：消化性溃疡、消化道出血、各种胃炎、反流性食管炎、肠炎、痢疾、肝硬化、肝性脑病、食管静脉曲张、门脉高压的各种并发症、胆石症、胆囊炎、胰腺炎、消化系统各种癌症、溃疡性结肠炎、肠结核、克罗恩病、结核性腹膜炎、经消化道的各种中毒、消化系统疑难杂症等各种消化系统疾病。