始建于1995年8月。运行至今已安全完成4万余次各部位MR检查，积累了丰富的影像资料和临床经验。现有GE/Elscint 2T Prestige高场MR全身扫描仪，磁场强度高，图像清晰，发现病变敏感。为了给病人提供优质快速服务，磁共振室全体工作人员常年放弃午休，保证对外地和急诊病人做到当天来，当天作，当时取报告。除了常规的全身各部位检查项目，还开展了脑功能成像，术前运动及语言功能区定位，氢谱检查，磁共振胆道造影，磁共振泌尿系造影，伽玛刀术前定位，婴儿视区脑功能评价等特殊检查项目。
在完成临床工作之外，磁共振室充分发挥自身仪器与人材的优势，积极与国内外著名高校进行交流与科研合作，参与国家攀登计划、973计划、和国家自然科学基金课题多项，于2001年与北京师范大学联合成立了“认知科学与学习”教育部重点实验室的脑功能成像中心，接受并指导北大医学部、北师大、首师大、解放军军医进修学院的博士/硕士研究生进行实验，完成论文。迄今已有20余名研究生在这里顺利完成实验，以优异的成绩毕业。
中心与美国、德国及香港高等院校有固定的合作伙伴和良好的合作关系。曾获全军医疗成果二等奖1项，科技成果三等奖三项；北京科技成果二等奖1项。在国内外专业医学杂志上有50篇中、英文论文发表。其中与香港大学合作研究成果发表在2004年9月“Nature”杂志上。
中心将于近期引进磁场强度更高的3T MR全身扫描仪，并与北京师范大学联合建立“认知科学与学习”国家重点实验室的脑功能成像中心。