中日友好医院肛肠科是医院重点特色专科，也是全国知名肛肠专科，突出擅长中西医并重治疗肛肠疾病。现有普通病床45张，特需高干床位若干。医护18人。其中主任医师2人，副主任医师、主治医师和住院医师各2人。以肛门、直肠及结肠疾病为诊治范围，主要运用科主任安阿玥主任医师发明的“安氏疗法”，在痔疮、肛瘘、肛周脓肿、直肠脱垂、家族性结肠息肉病、便秘、溃疡性结肠炎等多个疾病的诊治水平处于目前国内领先水平。尤其是对环状混合痔、嵌顿痔、高位肛周脓肿、复杂和高位肛瘘、直肠脱垂的治疗取得突破性进展。采用安阿玥主任独家发明的“芍倍注射液”注射治疗痔疮是本科的主要特色，该药已被批准为国家二类中药新药，治疗不同程度的内痔和静脉曲张性混合痔，注射一次即可治愈，与目前国内同类药比较有质的提高。适应范围从单纯初期内痔扩大到各期内痔及静脉曲张性混合痔；安全性一改以往注射剂出现的局部硬结、坏死甚至瘢痕狭窄、大出血的不良反应，注射后3～5天痔核萎缩，局部不留硬结。该药同时可以注射治疗直肠脱垂、肛裂、肛门瘙痒、腋臭等其它肛肠病。
在肛肠疑难病治疗方面，采用“芍倍注射液”配合微创手术治疗环状混合痔、嵌顿痔在一次彻底治疗的同时较好地解决了术后肛门皮肤缺损、肛门狭窄等困扰临床多年的难题。采用独特的内口寻找法和低位切开高位胶管引流的非挂线疗法及主灶切开对口引流法治疗复杂和高位脓肿、肛瘘可以较好地保护肛门括约肌、肛直环，在保证治疗的彻底性前提下保护了肛门外观和功能。采用芍倍注射液直肠内注射加结扎和肛门紧缩术治疗直肠脱垂，二十分钟即可以解决以往开腹都难以治愈的疾病。
　　2004年肛肠科的痔疮治疗技术被卫生部授予“十年百项”计划项目，这是目前为止卫生部指定唯一向全国推广的痔疮治疗方法，现已在全国展开全面推广，安氏疗法学员已遍布全国各地。2004年该成果获得中华中医药科学技术二等奖（部级），这是该年度国内肛肠专业获得的最高奖。肛肠科是北京中医药大学本科、硕士和博士的教学实习基地并担任理论课教学，每年培养实习生、进修生和短训班学员近千人。肛肠科还在全国各地发展了近百家临床协作单位。
“患者至上，文明行医”是我们的服务宗旨，从2005年开始肛肠科实施“舒心工程”，服务到床头，包括换药在内的一系列治疗全部在患者的床头进行，确实做到“技术一流、服务一流”。
　　2004年一家专业调查机构调查显示，中日友好医院肛肠科在社会上的知名度名列各科室前矛。现每年有大量的全国各地和外国患者慕名前来就诊，众多高干和名人都把这里作为治疗肛肠病的首选。肛肠科已经成为医院对外交流的一张名片。
2005年，以科主任安阿玥个人姓氏命名的“肛肠病安氏疗法中心”在这里成立，这在全国三甲医院中独此一家。
2006年初安阿玥教授发起成立“中国医师协会肛肠专业委员会”，并获卫生部批准、民政部正式登记注册（民社登〔2006〕第1065号），属于中国医师协会下属的二级分支机构。协会业务范围不分中医、西医和中西医结合，面向国内所有的肛肠从业者。

我院中西医结合治疗肛肠疾病与国际常见的手术疗法相比，有其独到优势，尤其作为卫生部“十年百项推广项目的“安氏肛肠疗法”，在治疗痔疮、肛漏、直肠脱垂等多种肛肠疾病上，具有痛苦小、疗程短、复发率低、费用少的特点。