中医科成立于建院之初，是集医疗、保健、科研、教学于一体的临床一级学科。经过50余年的努力，得到了长足的发展，建立起一支有专长、有层次、有特色的医疗、护理队伍。目前拥有医师15名，护师10名，技师1名，编制24人。其中主任医师、教授3名（含全国著名老中医药专家1人），主任医师3名，副主任医师3名，主治医师3名；主管护师4名，主管技师1名；具有博士学位2人，硕士学位4名，中医师承制（相当博士学位）毕业人员4名，大学本科学历13名。
中医科自1994年7月被批准为中西医结合内科专业硕士学位授权单位，现有硕士生导师4名，每年面向全国招收硕士研究生4名。2003年被批准为中西医结合临床博士学位授权点，现有博士生导师1名，每年招收博士研究生1名。同年还被批准为全军中医师承研究生集中教学单位，现有中医师承研究生导师2名，已招收培养两批4名学员。
中医科主要开展门诊与住院医疗、老干部保健、研究生与实习生、进修生的教学工作，并承担国家、军队及解放军总医院科研课题12项。目前有病床36张，主要收治以肺癌、乳腺癌和消化道肿瘤为主的各类恶性肿瘤及以帕金森病、老年痴呆、心血管疾病为主的常见老年病。门诊设有普通诊室、专病诊室和军队师干、军干以上诊室，年门诊量达11万余人次，居全军医院以及北京地区各大医院中医科之首。每年负责全院各科病房患者会诊达8000余人次，并承担了高干门诊、病房的医疗保健任务。除研究生培养任务外，中医科还承担军地院校的教学任务，每年带教实习生10-15名，见习生8-12名。