中日友好医院药学部是卫生部直属三级甲等综合性现代化医院的一个重要部门，是集医药、教学、科研为一体，承担门诊和病房1300余床位的日常药品调配和供应工作，配合临床促进合理用药的同时，已开展门诊柜台发药模式、住院药梯、研发院内制剂等工作。
药学部是负责管理医院临床用药和实施各项药学技术服务的医技科室，按照《药品管理法》及相关法律、法规和医院管理的规章制度，具体负责医院的药事管理工作。
药学部设立药事管理委员会、药品质量管理组织及药品不良反应监测委员会三个院级管理机构，监督、指导医院药品管理和合理用药、药品质量管理和药品不良反应监测工作。
药学部工作人员有99人，主任药师1人，副主任药师9人，主管药师57人，药师23人，药士5人，其它人员4人；学历构成为博士1人，本科22人，专科34人，中专42人。药学部注重整体素质的培养、不断提高专业水平，每年策划组织全员进行培训，提高服务的技巧和质量。不定期进行中层管理人员的培训，提高管理水平。
药学部根据功能可下设四个二级科（大组）：药品科、调剂科、制剂科和临床药学研究室，另设一个主任办公室。
1. 药品科负责中、西药品采购、验收、养护、库存管理和价格维护及医院信息系统药物信息工作。（目前西药有1500多种、中成药380多种、饮片1000多种）
2. 调剂科下设中西药门诊药房、住院中西药房、急诊药房及其它专科药房，负责门急诊患者以及住院患者的用药调配工作，提供药学咨询及其它药学技术服务。（服务项目：在门诊为长期的患者免费建立《用药手册》，以此记录患者药物治疗过程及患者个人用药相关信息，有利于跟踪与分析治疗效果以及药物不良反应，便于向医生提示患者个体用药特点；在门诊开展方便、便于存放的代煎药服务；每天往临床各个病区送大输液、煎好的中药汤药；在病房启用药梯，将药品直接从住院药房送至各病区，从而减轻护士领药往返病房与药房的劳动强度；汇总整理《中日友好医院基本药物处方集》，便于临床医生开具处方时查询。）
3. 制剂科分为西药制剂室、中药制剂室、药检室和制剂研发室，承担中西药物的研究开发、质量标准的研究和审定，生产中西药特色制剂、新药中试和承担药品检验、药品质量监督网等工作。（有提取、分离等多种设备，目前开展的剂型有颗粒剂、胶囊剂、口服液、片剂等。）
4. 临床药学研究室是国家临床药理基地之一，承担新药Ⅰ期临床研究（主要是药代动力学、人体生物利用度或等效性研究）、临床前药代动力学或毒物分析研究、治疗学相关课题及医院临床药学服务，开展治疗药物血药浓度监测、临床用药评价、药物不良反应监测、药物信息咨询、编辑、发行《药讯》，与26个省市约400家医院进行交流，并获得北京地区优秀药讯一等奖，还组织继续教育培训、担负药学院（系）大中专学生临床药学教学，培养及指导来院进修、实习人员的学习。
5. 办公室负责协调院内相关行政事务，制定部门规章制度，收发文件及归档，安排工作计划，进行培训规划，协调和监督实施情况；配合医院财务做好药品核算，加强对药品收入和支出的管理；负责设备维修、请领办公用品等后勤保障工作。
门诊药房大厅有药物咨询台，解答患者提出与药品相关的问题。免费为门诊患者提供《用药手册》，此手册是记录患者药物治疗过程和用药相关信息，利于分析与跟踪治疗效果，促进合理用药，减少用药风险，便于向医生提示患者个体用药特点。患者也可以通过电话咨询，咨询电话：84205246，84205245。