北京军区总医院心理门诊是军队三级甲等综合医院中最早建立的专职全日制心理门诊之一。该门诊拥有受过良好专业训练，多年从事心理咨询、心理治疗和心理测评的临床心理学专业人员。其宗旨是运用临床心理学的理论和技术，解除广大患者的心身痛苦，促进人们的心理健康。目前，心理门诊开展的业务有：心理咨询，心理治疗，包括儿童行为问题和学习障碍，适应不良，青少年心理问题，老年心理健康问题，婚姻家庭健康问题各种身心疾病和身心疾病所致的心理问题的咨询和治疗。心理测评（包括智力、记忆测评，心理健康测评，个性特征测评，儿童行为测评，神经心理测评，职业能力倾向测评等90余项）。以及精神疾病的早期筛查和处理。