北京军区总医院耳鼻咽喉科创建于1950年，科室的发展始终紧跟时代的步伐。在半个世纪的技术发展过程中，曾经得到徐荫祥、姜泗长、王直中、屠规益和杨伟炎等耳鼻咽喉科诸多前辈和著名专家的指导和帮助。原科主任朱瑞卿1964年创立变态反应室，著有《花粉癌》等书，主研变应原浸液的制备及应用、萎缩性鼻炎的病理分型，曾获1984年、1986年军队科技进步四等奖；是军内外早期的变态反应学专家。原科主任樊扬诗，享受政府津贴，在颅面联合手术治疗鼻腔、前颅底肿瘤方面成绩显著，1991年曾获军队科技进步二等奖。现任科主任纪维纲主任医师，从事耳鼻咽喉科临床、教学、科研工作三十余年，曾师从姜泗长教授，对听器的病理生理进行了深入的研究，在人和动物听器的爆震性损伤特点及防治方面获军队科技进步三等奖，现专长于鼻腔及鼻窦疾病的诊治、血液病患者扁桃体手术及阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的诊断和治疗。1991年始担任全军耳鼻咽喉科专业委员会常务委员、北京军区耳鼻咽喉科专业委员会副主任委员、中国残疾人康复协会无喉者康复专业委员会委员、全军医药卫生成果奖评审专家。担任中华耳科学、耳鼻咽喉头颈外科等杂志编委。
现在耳鼻咽喉科为临床综合科室，设有门诊检查室、听力检测室、前庭功能检查室、纤维鼻咽喉镜检查室和睡眠呼吸监测室。病房为独立病区，展开床位31张，拥有主任医师2人、副主任医师2人、主治医师4人、技师2人，有研究生学历的4人。目前耳鼻咽喉科在开展耳显微外科手术、鼻窦内窥镜手术、咽喉疾病的检查与喉显微手术、头颈部肿瘤的诊断与治疗，以及听力学及言语疾病的系统检查和诊断方面，积累了丰富的经验，取得了满意的治疗效果。跨入新世纪随着射频等离子刀的引进，在鼾症和阻塞性睡眠呼吸暂停疾病的诊断和治疗方面，取得了突出的成绩，形成了特色。举办过全国新技术学习班，获得来自全国各地广大患者的好评。全科医护人员，积极进取、爱岗敬业、勤奋工作、团结协作、服务热情、技术精良，科室多次被医院授予集体嘉奖，并评为优秀党支部、医疗精品优胜科室和基层建设达标先进科室，在医疗、护理方面获得医院临床成果奖8项、军队科技进步奖30项。