康复医学科是中日友好医院主要功能组成之一，其宗旨是对医院各科患者提供良好的医疗服务，增强临床治疗效果，缩短治疗过程，使患者尽早恢复健康。对伤残患者通过积极的康复训练，消除或减轻其功能障碍，帮助他们在身体条件许可的范围内，并根据实际需要，最大限度地恢复其生活能力或劳动能力，重新参加社会生活。
学科带头人、科主任、主任医师孙启良1968年毕业于6年制的北京医科大学。现担任中国康复医学会秘书长，中华物理医学与康复分会常委、北京市分会副主委。中国康复医学杂志副主编，中华物理医学与康复、中国临床康复等杂志常务编委。享受国务院政府特殊津贴。
该科主要特色医疗项目：
1．脑血管意外（中风）的康复治疗。该科承担了国家级“九五”、“十五”课题（脑卒中部分）的研究任务，对脑血管意外的病人进行早期康复介入、早期康复治疗。实践证明，早期康复对脑血管意外的预后有极其重要的意义。通过以运动疗法为主的综合康复措施，达到防治并发症，减少后遗症，调整心理状态，促进功能恢复，充分发挥残余功能，以争取达到生活自理，回归社会。
2．以先进的颈、腰椎电动牵引机配合物理治疗、功能锻炼和健康教育，治疗颈椎病、腰椎间盘突出症，疗效显著。
3．骨折后的康复。以功能训练配合物理疗法促进骨折愈合、防止肌肉萎缩、关节僵直，减轻疼痛，恢复运动功能。
4．脑瘫的康复治疗。针对脑瘫患儿的多种残疾，采用易化技术为主的综合治疗方法，并调动患儿家长的积极性，密切配合，逐步使患儿获得独立或部分的生活能力。
5．各种软组织损伤的康复。应用各种先进的理疗仪器对急性的肌肉、韧带的扭伤、挫伤、拉伤和慢性劳损进行康复治疗，促进组织修复，恢复功能。