外科始建于1976年，是建所的主要骨干科室，建所时仅有50张床位、两个手术间、6位大夫和20余名护士。在徐光炜院长和历届外科主任的领导下，通过全体医务人员的艰苦奋斗，在短短25年时间里，完成了大量的临床工作，获多项部、市级科技成果奖，培养出了一大批研究生以及青年医师，现已成为我所集医、教、研为一体的重点科室。

肿瘤外科现有200张床位，8个病区（外一病房--外七病房和ICU）、手术室、麻醉科、超声高能聚焦室、外科实验室、外科配液室和标本库。专业设置有：消化道肿瘤专业（胃癌组、大肠癌组、肝胆组），乳腺专业、头颈专业 、胸部肿瘤专业和妇瘤专业。其中胃癌专业组和乳腺癌专业组分别是北京市重点学科中主导科室。医疗上主要开展消化道肿瘤、乳腺肿瘤、胸部肿瘤、妇瘤、头颈部肿瘤的规范化手术治疗、辅助治疗和新辅助化疗、多学科协作的综合治疗和肿瘤的姑息治疗。强调协调规范化治疗和个体化治疗的关系是目前临床工作之重点。

外科现有正高职称医生7人，副高职称16人，中级职称10人，初级职称6人。现达到年住院患者3150人次，年住院手术2000人次，年门诊32000人次。

"十年树木，百年树人"。外科重视对后备力量和人才的培养。在短短1/4世纪里，已先后有23名研究生获得了博士或硕士学位，有300余名进修医师领取了毕业证书。

从建所至今，外科共发表了13部专著，163篇论文。承担国家科委攻关项目3项，获得卫生部、市卫生局、市科委等科研资助项目20余项。先后有23人次在全国、市或卫生局获科技成果奖。其中1985年乳腺癌的研究获国家科技进步三等奖，1999年胃癌研究获国家科技进步二等奖。

为了术中能确定癌症的浸润范围及淋巴转移状况以实行手术方案，1989年外科对胃癌病人进行了放射免疫显像的研究，敏感性为64.5%。1992年在徐光炜院长的指导下，外科开始胃癌放射免疫导向手术的研究，其灵敏性、特异性及准确率均在90%以上，获得了1993年市科技成果二等奖。居国内领先地位。

在黄信孚教授的带领下，肝胆外科取得了巨大的进步。黄信孚教授关于"肝癌生物学行为的研究及其临床应用"，曾获市科技进步奖，并于2001年3月开展了我院第一例肝移植手术。

现在，外科正准备进一步健全科室，成立泌尿肿瘤和骨肿瘤专业病区，发展已有的专业优势，提高诊疗水平，向国际先进水平靠拢，再创外科新辉煌。