协和医院儿科始建于1949年，由我国现代儿科学的先驱和开拓者之一周华康教授任首届儿科主任。1958年取消儿科成立首都儿科研究所，周华康教授任副所长。1961年协和医院儿科恢复重建，仍由周华康教授挂帅，以后历届主任均为我国儿科学界德高望重的专家学者：籍孝诚教授、赵时敏教授和魏珉教授，并在国际和国内有关儿科学会担任过重要职位。

几十年来儿科始终重视学科的建设与发展，在协和“严谨、求精、勤奋、奉献”院训的激励下，在老一辈专家学者的教导下，经过几代人的不懈努力与奋斗，确立了科室在我国儿科学界的学术地位，某些专业领域在国内享有较高的声誉。曾获国家科技进步三等奖1项，卫生部科技进步二等奖1项，三等奖4项，医科院医疗成就奖2项，协和医院医疗成果奖21项。周华康教授和鲍秀兰教授曾分别获得儿科学界的殊荣—中国内藤国际育儿奖。

目前全科职工53人，具有老中青专家组成的学术梯队，包括教授5人，副教授5人，其中担任中华医学会专业分会（儿科，围产）常委2人，北京分会（儿科，围产）主委/副主委 2人，中华医学会专业分会或儿科专业学组委员（围产学会、新生儿学组、消化学组）3人，中华护理学会1人，中华系列杂志编委 7人，其他核心杂志编委2人。副高以上职称均有在国外学习或进修的经历。