病理科是为临床提供基础性支持的医技科室，现配备了德国一流的Leica 系列石蜡切片机、冰冻切片机、组织脱水机以及日本最先进的Olympus BX50光学显微镜，北京航天大学的病理远程会诊系统，美国先进的Atuocyte Prep薄层细胞制片机，设备装备水平已经达到三甲医院水准。2002年住院手术量达3800余例，病理活检量达3551例，细胞学涂片量达1500余例。2003年病理活检量达3703例，细胞学涂片量达10000余例。

病理科现有医生4名（2名主治医师，2名住院医师），分别在友谊医院、北医三院、北大医院、301医院进修一年以上。技术员3名，其中1名曾在协和医院进修。

病理科采用自主开发与合理外包相结合的方式，与友谊、三院、北大病理科建立了非常密切的联系。上述三院的病理科主任及高水平医生定期或不定期到我院提供指导及会诊，病理科现在直接开展了临床活检、细胞学涂片、穿刺细胞学、液基薄层细胞学、美兰染色与抗酸染色，合作开展了术中冰冻与免疫组织化学染色。

病理科每周一至周五取材，非特殊情况在三个工作日内出报告，加急病理可第二天出报告。