中医科成立于上个世纪50年代初，设有亚学科中医内科、中医肛肠科及中医妇科等。1992年建立中医病房，设有床位22张，平均住院天数10.68天，床位使用率大于100%，年门诊量6万余人。是国家药品监督管理局中医脑病新药临床试验资格认定单位，上海市综合性医院示范中医科，为上海交通大学附属第六医院缺血性脑血管病中医治疗特色专业。
科室医务人员13人，拥有两位上海市名老中医，具有正高职称者5人，副高职称者3人。擅长运用活血化瘀，扶正祛邪方法治疗缺血性脑血管病等中医瘀血病证。通过检测超敏C反应蛋白，纤维蛋白原、血黏度及颈（椎）动脉超声、脑血管彩色多普勒、颅颈部血管磁共振成像等检查，在辨证论治的指导下，制立病人个体化中西医结合治疗方案，并对出院病人作出综合健康评估，且建立资料库，长期跟踪随访，指导预防及治疗。
除了特色治疗脑动脉供血不足、短暂性脑缺血发作、早期脑梗等缺血性脑血管病以外。该科长期以来，以中医为主，中西医结合，在治疗常见病、多发病和疑难杂症方面积累了丰富的经验。现开设中医肝病、胆病、三叉神经痛、糖尿病、肿瘤术后放化疗后调理、脂肪肝、肥胖、更年期综合症、中医脑病、慢性泄泻、肛裂、痔疮等专题门诊。

诊疗特色
1.缺血性脑血管病的中医治疗。
2.清热化瘀，舒肝养阴治疗慢性肝病，肝纤维化。
3.健脾消痞方治疗治疗慢性胃炎、胃癌前病变。
4.升阳散火治疗三叉神经痛。
5.泄热化滞法治疗胆石症。
6.滋阴补肾，活血化瘀治疗糖尿病。
7.肿瘤及术后放化疗后患者的扶正祛邪抗癌治疗。
8.补肾活血法治疗慢性肾功能不全。
9.舒肝活血化痰法治疗脂肪肝。
10.化瘀通络治疗下肢深静脉血栓形成。
11.补肾化瘀治疗子宫内膜异位症。
12.益肾清肝，养心安神，调理“冲任”治疗妇女更年期综合症。
13.健脾补肾、化湿固涩、疏肝祛风内服、灌肠相结合治疗慢性泻泄。
14.采用微创、无痛的方法开展痔疮的中西医结合治疗。
15.采用扩肛镇痛法治疗肛裂，不但临床效果好，且避免复发。
16慢性腹泻的中医治疗。