国家重点学科、国家中医药管理局肛肠外科重点学科和重点专科、中国人民解放军肛肠病重点学科、第二军医大学肛肠外科专科中心。现有两个病区（82张床位）及专业结肠镜检查治疗室、肠造口治疗中心、肛肠测压室、肛肠门诊小手术室等。有医护人员60余人，其中教授4人，副教授2人，博士后1名，博士9名，硕士5名，专职肠造口治疗师1名。
科室特色 以结直肠肛门疾病的诊断、治疗、科研、教学于一体的专业科室。在结直肠疾病的内窥镜诊断和治疗、大肠癌的外科治疗和化疗（尤其是低位直肠癌保肛手术）、顽固性便秘的诊断和治疗、结直肠息肉和息肉病的诊断和治疗、重度脱垂性内痔和混合痔、复杂性肛瘘和肛门失禁的外科治疗、肠造口护理以及其它结直肠肛门复杂性疾病的诊断和治疗方面具有鲜明的特色，在国内处于领先地位。每年行结直肠肛门手术1200余例（其中结直肠癌近700例），结肠镜检查治疗6000多例（累计近8万例），国内领先。
科室荣誉 近年来获集体三等功一次、军队科技和医疗进步二等奖4项、三等奖6项；获国家自然科学基金资助项目4项，军队医疗基金项目1项，上海市医疗基金项目2项，金额100余万元。主编和参加编写专著10余部，在国内外发表论文200余篇。连续15年举办“上海长海国际肛肠外科周”大型国际会议，为国内肛肠外科水平的提高起到促进作用。