眼科是长海医院历史上最为悠久的学科之一，是具有博士学位授予权的学科。在几十年的发展过程中，不断吸收国内外的先进经验，在屈光系统(角膜、晶状体、玻璃体)和视网膜的基础与临床研究等多方面作了大量工作。01年被评为院先进科室；02年被评为校基层建设先进科室、院先进党支部；03年被评为院学科人才建设临床特色技术专项学科。
　　我科拥有进口的玻璃体切割机、白内障超声乳化机、准分子激光机、眼内激光光凝机、眼外激光光凝机、yag激光机、冷冻机、角膜地形分析系统、手术显微镜、视网膜脉络膜血管造影仪、a/b超声诊断仪、电脑视野仪、非接触眼压计、间接眼底镜、电脑验光仪等多种先进的检查治疗设备。
　　近年来，在常规进行玻璃体切除手术、视网膜脱离手术、白内障超声乳化手术、激光角膜屈光手术、青光眼手术、眼整形手术、眼肿瘤手术工作的基础上，开展了代表当代眼科水平的、具有较高难度的复杂性眼外伤、增殖期糖尿病视网膜病变、复杂性视网膜脱离联合白内障手术的玻璃体切除手术（眼前后段多联手术）；开展了葡萄膜炎白内障，硬核、白核、小瞳孔、晶状体半脱位等复杂性白内障的超声乳化推注式人工晶状体植入手术；开展了表面麻醉下单纯超声乳化推注式人工晶状体植入治疗急性闭角性青光眼；开展了玻璃体切除治疗恶性青光眼、暴发性脉络膜出血；开展了眼眶肿瘤、眼眶整形等疑难手术以及多种屈光手术，并形成了一定的影响。
　　目前，我科拥有专业技术干部33名，其中高级职称8名，从85年至今，主编出版学术专著7部，总字数超过4百万字。承担省部级以上课题7项，其中包括国家自然科学基金2项，国家卫生部教学基金2项，上海市基金3项。在医教研方面获省部级以上奖励14项，其中国家卫生部优秀多媒体成果一等奖1项，军队科技进步一等奖1项、二等奖2项，上海市电化教育多媒体软件一等奖1项。培养出3名校a级优秀教员。