1998年，仁济医院在东院全面启用之际，正式成立了呼吸科，由李燕芹任科主任。目前，呼吸科共有23人，其中医师12名，包括主任医师3名，副主任医师2名，主治医师5名，住院医师2名，硕士以上学历者占50%以上。
学科设有普通门诊，COPD专病门诊、专家门诊和呼吸病房(25张)；另设有肺功能室、呼吸科实验室。对呼吸系统疾病（如慢性阻塞性肺病，支气管哮喘，支气管扩张，肺部感染，呼吸衰竭，间质性肺病，肺部肿瘤等）进行诊断，鉴别诊断和治疗，开展的医疗技术包括电子支气管镜（开展经气管镜细胞刷检、活检和支气管肺泡灌洗检查）对肺部病变诊断治疗、呼吸衰竭的无创和有创治疗技术、经皮肺穿刺技术，肺部肿瘤综合诊疗等。
科室建立以来，经过全科人员的努力，对呼吸系统疾病的诊断治疗水平逐步提高，积累了丰富的经验。各项工作逐步规范，医疗质量不断提高。已成功抢救了呼吸科各种危重病患者，如ARDS、慢性呼衰，大咯血、哮喘持续状态等; 利用气管镜对大咯血所致窒息和肺不张进行抢救治疗和气道内异物的钳取，与激光科联合成功治疗了气管内肿瘤的患者，均取得很好的临床疗效；充分利用病原学检测、纤支镜及机械通气等方面的综合优势，对于肺部重症感染的救治，形成了一整套规范有效的治疗措施；对支气管肺癌的诊断综合治疗也形成了自已的特色,借助我院现代化诊断设备（如PET-CT， CT、MRI、ECT、超声波、电子纤支镜、胸腔镜，），进行规范有序的诊断、分期、为广大肺部肿瘤患者提供优化服务，重视肺部肿瘤综合治疗，综合治疗中采取呼吸内科，胸外科，放疗科，中医科等相关科室共同讨论，有机组合手术、化疗、放疗和其他有效方法：如：1、联合放化疗；2、靶向治疗；3、免疫治疗和中药治疗，制定个体化的治疗方案为患者个体提供可能治愈或有效缓解的最好的治疗方法，最大程度地提高疗效和改善患者生命质量，积累了一定的综合诊疗经验；对慢性阻塞性肺病设有实用性健康教育，定期COPD专病门诊随访，并设有穴位治疗门诊，长期跟踪随访，制定个体化防治方案，科学地改善症状和进行康复治疗，并提供国内外有关COPD防治的最新信息；长期以来我科对哮喘的治疗已积累了丰富的经验，哮喘病人大多数是由于对环境中的过敏原过敏而致病，故明确过敏原对诊断、预防和治疗哮喘非常重要，并能根据皮试结果进行脱敏治疗。我科开展过敏原皮试已有多年，设有变应原皮试、脱敏治疗、规范化治疗、指导正确吸入方法、普及哮喘知识及宣教等项目。哮喘的过敏原诊断和脱敏治疗，首先选用标准化过敏原进行皮肤点刺，品种齐全，共有30种过敏原皮试液，能进行全面的过敏原测试。使用方便，操作简单、安全，随时检测，随时出结果。脱敏治疗是通过肌肉注射小剂量的过敏原让病人反复接触与之过敏的过敏原，使病人对此类过敏原的耐受性提高，当再次接触时不再产生过敏现象。临床上一般选用的过敏原为尘螨，治疗前先通过过敏原皮试，确定病人对该过敏原过敏。先从最低浓度开始，剂量逐步增加到维持量。整个疗程分剂量增加阶段和维持治疗阶段，需要治疗 1～5年。疗效显著，经脱敏治疗后，哮喘的发作次数减少、病情减轻，皮肤试验敏感性下降，部分病人甚至达到临床治愈。对间质性肺病、结节病等少见疾病的诊治也积累了较丰富的临床经验，在进行有关间质性肺病临床工作的同时，积极开展科研工作，已有一项课题通过验收，目前在研课题一项。另外我科开展了全套肺功能检查，为呼吸系统疾病的诊断，鉴别诊断，肺功能的评估提供了可靠的手段。
我科高度重视教学工作，，呼吸科承担中英文班教学及夜大学的教学任务。每年完成交通大学医学院呼吸疾病见习，实习带教工作和轮转住院医师的带教工作。已培养博士和硕士研究生10余名。目前在读研究生5名，博士1名。
在科研方面，承担并完成了多项课题，如许以平教授负责的过敏性哮喘家系成员第11对染色体上哮喘易感基因的研究，支气管哮喘青春期缓解的机理研究，嗜酸细胞阳离子蛋白检测法的建立及其临床应用，哮喘蟑螂过敏诊断试剂盒及其免疫治疗制剂的研制，重组粉尘螨过敏原的研究；沈其昀教授的雷公藤多甙抗哮喘气道炎症的研究；李燕芹教授的“肺间质纤维化及血管生成对急性肺损伤病程进展的影响”及“免疫抑制剂对骨髓干细胞治疗肺纤维化的影响”；王利民教授的哮喘的分子遗传学研究，过敏性哮喘与嗜碱性粒细胞凋亡的关系，嗜碱性粒细胞在哮喘发病作用的研究。
在2003年抗击SARS的战役中，呼吸科出色地完成了任务，作出了自己应有的贡献。呼吸科被授予“院抗击非典先进集体”的光荣称号，多名医师被授予“院抗击非典先进个人”称号，有的还被授予“上海市卫生局抗击非典先进个人”称号。这次特殊的经历使科室在各方面也得到了成长。
长期以来，我科紧密结合临床，围绕COPD、哮喘、间质性肺病，重症感染、肺部肿瘤的发病机制与防治等开展了大量的研究工作，主编著作有《临床免疫技术》、《呼吸系统疾病》、《现代免疫学检验与临床实践》等。参与了《水电解质酸碱平衡》、《机械通气》，《呼吸系统疾病的诊断和鉴别诊断》，《急性肺损伤的基础与临床》，《实用老年医学》等多部专著的编写工作。
在科室文化建设方面，呼吸内科营造积极向上、不断进取的人文环境，尊重病人、尊重生命，强调医疗安全、医疗质量和服务态度。
目前为止李燕芹主任担任了上海医学会呼吸学会委员，华东地区肺间质病协作组委员，上海康复学会呼吸专业委员会委员。许以平教授担任中华医学会变态反应学会副主任委员和上海市变态反应学会主任委员，中华医学会上海分会常务理事、中国免疫学会理事、上海免疫学会副理事长、国家药品监督管理局评审专家、“现代免疫学杂志”和“标记免疫分析与临床”两本杂志副主编。郭胤仕主任医师上海市变态反应学会委员兼秘书，邵莉副主任医师担任上海医学会免疫学会理事。
随着院校改革的不断深入，医学诊疗技术的日益发展，我科全体人员将百尺竿头更进一步，实现我科医、教、研的跨越式发展，更好地为广大患者提供优质的医疗服务。
呼吸科普通门诊：浦东周一，二，四，五，六全天；
浦西周一，周三，周四全天，周二上午
COPD专病门诊（穴位注射）浦东每周四下午；浦西每周三上午
专家门诊时间：浦东周一全天，周二上午，周三上午，周四上午，
浦西周四，周五上午
支气管镜检查时间：每周三上午（浦东门诊四楼内窥镜中心）
历任科主任：李燕芹