1961年，在著名内分泌学家刘士豪教授的亲自主持下，北京协和医院内分泌科正式成立。当时的内分泌科分为临床和实验室两部分。学科成立后相继开展了糖尿病、甲状腺疾病和原发性醛固酮增多症等的研究。
我院内分泌科学术水平一直处于国内领先地位，史轶蘩教授为中国内分泌领域唯一的工程院院士。内分泌科是国家重点学科。1978年内分泌科成为独立科室。1981年被国家教委评定为博士点。1988年被批准为卫生部内分泌重点实验室。
内分泌科现有职工89人，其中教授10名，副教授5名，中级职称员工29名，人才梯队合理。职工中，工程院院士1名，博士生导师4名，硕士生导师4名，研究生导师队伍较为强大。通过临床和科研培养了大批内分泌专业人才。现已毕业的硕士研究生60余名，博士研究生30余名，他们都成为内分泌研究的骨干。
内分泌科继承和发展了刘士豪教授开创的内分泌事业，重视临床、教学和科研工作。始终保持全方位的研究方向，是全国内分泌学科中最完整、最全面的科室。研究方向包括垂体疾病、甲状腺疾病、糖尿病、甲状旁腺疾病及骨质病、肾上腺疾病和男性性腺疾病等等。研究涉及流行病学、临床医学和基础医学各个层面。流行病学包括分子流行病学，临床医学处于国内领先地位，基础医学研究也在广泛深入地展开。
内分泌科十分重视临床及临床研究工作，在此领域始终处于全国领先的地位。现在东西两院各设内分泌门诊1个，病房3个，病床总数80张。门诊分为上午的普通内分泌门诊和下午的专病门诊，每天约收治病人300多人次。专病门诊包括糖尿病、甲状腺、肾上腺、垂体、代谢性骨病、男性生殖内分泌疾病等6个，直接为临床科研服务。内分泌病房主要收治病情危重和诊断难度较大的病种，功能检查室则开展各种内分泌功能试验，如刺激或抑制试验。2002年成立了北京协和医院垂体疾病诊疗中心、糖尿病中心、肥胖疾病诊治中心，骨代谢疾病诊疗中心等4个医学中心，这些中心在临床、教学和科研工作中也发挥了一定作用。
内分泌科始终重视教学工作，制定了详细的住院医师培训计划，每周进行内分泌学的文献汇报，每月由副教授以上的研究人员进行1次专题内分泌综述。此外，每周仍保留了内分泌基础与临床讲课1次，由经验丰富的临床和实验室副教授和教授执教，同时还请其他科室的研究人员进行交流和学习。每年住院医师和进修医师必须参加临床业务考核。在实验室工作的实习研究员及技师，每年在导师的指导下负担一定的科研课题。内分泌科还负担了大量中国协和医科大学8年制在校学生讲课，以及毕业生科研培训及博士论文答辩工作。
内分泌科重建的26年来，在临床和基础科研方面取得了很大的成功，每年在国家及其他刊物上发表论文20－30篇，主持或参与国家自然科学基金、国家八六三计划、国家九五及十五攻关课题，北京市以及部院校课题多项。曾获国家科技进步一等奖1次，二等奖2次，还多次荣获卫生部科学技术进步奖，对于推动中国内分泌的发展和进步起到了重要的作用。
北京协和医院内分泌科一直参与中华内分泌学分会和糖尿病学分会，北京内分泌学会和糖尿病学会的领导工作。目前，科内专家担任着中华医学会内分泌学分会副主任委员和中华医学会糖尿病学分会副主任委员，北京医学会内分泌专业委员会和糖尿病专业委员会主任委员等职，担任《中华内分泌代谢杂志》的主编、《中华糖尿病杂志》副主编和《基础医学与临床》编辑部副主任等职。
近年来，内分泌科在国际和国内开展了广泛的学术交流，曾在京主办国际会议多次，包括男性学、内分泌学及糖尿病学，参加国内学术会议达400余人次。此外，还主办国内学术会议多次。每年均邀请国际上在内分泌学方面有独特见解的专家学者到科内进行讲学或办培训班。